Indonesia merupakan negara agraris dengan sebagian besar penduduknya bermatapencaharian di bidang pertanian. Oleh karena itu dalam tahapan pembangunan, sector pertanian sudah selayaknya mendapatkan perhatian utama. UKSW sebagai lembaga pendidikan tinggi merasa terpanggil untuk berpartisipasi dalam usaha besar pembangunan sektor pertanian. Setelah melalui persiapan yang cukup matang, pada 1 Januari 1967 berdirilah Fakultas Pertanian UKSW.
Sesuai dengan perubahan sistem pendidikan di Indonesia, sejak tahun 1982 Fakultas Pertanian (FP) mulai menyelenggarakan program Strata-1 (S1) dengan dua jurusan, yaitu jurusan Budidaya Pertanian dan Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian. Setelah melalui perjuangan dan kerja keras selama 17 tahun, pada akhirnya FP memperoleh status akreditasi tertinggi, yaitu status Disamakan pada tahun 1984. Mulai tahun 1997, pemerintah memberikan status Terakreditasi bagi kedua program studi Strata-1 yang diselenggarakan FP UKSW.
Dalam perkembangannya,mengikuti perubahan kurikulum yang berlaku secara nasional maka mulai T.A. 1996/1997 jurusan Budidaya Pertanian memiliki satu program Studi, yaitu Program Studi Agronomi dan jurusan Sosial Ekonomi Pertanianmemiliki satu program studi, yaitu Program Studi Sosial Ekonomi Pertanian/Agribisnis. Selanjutnya, mengacu kepada masukan Kelompok Kerja Forum Komunikasi Perguruan Tinggi Pertanian, maka pada tahun 2008/2009 nama Program Studi Agronomi diubah menjadi Program Studi Agroekoteknologi
Mulai T.A. 2008/2009, lulusan FP diarahkan agar memiliki jiwa bisnis pertanian, dalam arti kata, setiap lulusan FP UKSW harus mampu menghasilkan inovasi teknologi dan inovasi sosial ekononomi. Oleh karena itu pada tahun 2010 nama FP diubah menjadi fakultas Pertanian dan Bisnis (FPB). Nama ini juga menegaskan tentang keberadaan progdi Agribisnis yang membawa misi bisnis dalam Fakultas Pertanian.
Seiring dengan peningkatan kompetensi staf pengajar di FPB dan kebutuhan masyarakat akan pengembangan ilmu dan inovasi teknologi pertanian secara terus menerus dalam rangka peningkatan produksi, peningkatan mutu produk, efisiensi proses produksi dan dalam menghadapi berbagai masalah, seperti perubahan iklim global, serta keterbatasan dan degradasi lahan pertanian, maka pada T.A. 2011/2012 FPB mulai menyelengarakan program pascasarjana Program Studi Magister Agroekoteknologi.
