Profil lulusan yang akan dihasilkan program Magister Pertanian Agroekoteknologi adalah ilmuwan profesional yang memiliki daya analisis, daya cipta, wawasan luas, komitmen dan integritas tinggi, serta etika profesional di bidang agroekoteknologi serta memiliki kompetensi keahlian khusus meliputi:
a. Ahli Perbaikan Sifat Tanaman (Crop Improvement), memiliki kemampuan pengelolaan sumberdaya genetik dan menciptakan keragaman genetik guna menghasilkan varietas-varietas baru yang lebih unggul pada kondisi lingkungan yang spesifik, hingga memproduksi benih bermutu;
b. Ahli Produksi Tanaman (Crop Production), yang memiliki kompetensi untuk meningkatkan produksi dan produktivitas berbagai komoditas pertanian, dimana kompetensi ini memampukan lulusan mengembangkan dan memanfaatkan IPTEKS dalam merekayasa interaksi antara faktor genetik dan lingkungan (biotik dan abiotik) untuk pencapaian produksi maksimal dan berkelanjutan;
c. Ahli Pengelolaan Lingkungan Pertanian (Agricultural Environment Management) dengan kualifikasi mampu mengembangkan dan memanfaatkan IPTEKS untuk memanfaatkan SDA dalam rangka meningkatkan produksi pertanian sekaligus melestarikan lingkungan pertanian dengan cara mencegah pencemaran lingkungan atmosfer, lithosfer dan hidrosfer sehingga tidak terjadi degradasi lahan / lingkungan pertanian (biotic dan abiotik); dan
d. Ahli Bioteknologi Pertanian (Agro-Biotechnology) yang memiliki kemampuan untuk mengeksplorasi dan memanfaatkan keanekaragaman hayati (aras seluler dan molekuler) dalam rangka perbanyakan tanaman, rekayasa genetika untuk menghasilkan tanaman tahan/toleran lingkungan biotik dan abiotik, perlindungan tanaman, pengelolaan lingkungan lahan pertanian yang berkelanjutan, memproduksi bahan metabolit sekunder dan energy (renewable fuels), agroindustri yang memanfaatkan bioteknologi, sehingga diperoleh keuntungan ekonomi dan efisiensi proses produksi.
