Untuk menghasilkan lulusan yang memiliki kualifikasi seperti yang tercantum pada visi dan misi di atas, maka tujuan program Pascasarjana Magister Pertanian program studi Agroekoteknologi UKSW adalah:
1. Menyelenggarakan program pendidikan pertanian aras Strata 2 dengan program studi Agroekoteknologi yang bertaraf Internasional dan tanggap terhadap kebutuhan Nasional.
2. Menghasilkan sumberdaya manusia yang mampu menganalisis persoalan-persoalan pertanian pada aplikasi bidang Perbaikan Sifat Tanaman (Crop Improvement), Produksi Tanaman (Crop Production), Pengelolaan Lingkungan Pertanian (Agricultural Environment Management), dan Bioteknologi Pertanian (Agro-Biotechnology) serta mampu merumuskan penyelesaian persoalannya menurut kaidah-kaidah keilmuan dan kaidah-kaidah teknologi yang benar dengan pertimbangan manajemen sosial, ekonomi dan lingkungan yang tepat.
3. Menghasilkan karya ilmiah inovatif dengan menggali dan memanfaatkan sumberdaya alam dan kearifan lokal yang memiliki potensi ekonomi di daerah dan industri pertanian, serta menghasilkan teknologi aplikatif sesuai dengan kebutuhan stakeholder pada bidang pertanian.
4. Mempublikasikan hasil-hasil penelitian di bidang pertanian secara berkala.
5. Menyelenggarakan kerjasama dengan pihak-pihak industri dalam negeri maupun luar negeri yang berkecimpung dalam bidang pengembangan pertanian khususnya pada Pengembangan Tanaman (Crop Improvement), Produksi Tanaman (Crop Production), Pengelolaan Lingkungan Pertanian (Agricultural Environment Management), dan Bioteknologi Pertanian (Agro-Biotechnology).
6. Menyelenggarakan kerjasama dengan lembaga-lembaga nasional maupun internasional baik universitas maupun lembaga-lembaga pengembangan teknologi pertanian terutama lembaga internasional yang berkecimpung untuk pembangunan dunia ketiga.
